Los tóxicos químicos son un peligro para la salud que está presente en los alimentos. Estos pueden dividirse en dos
grupos, naturales y antropogénicos. Las naturales se refieren a aquellas que son propias del alimento siendo producidas por microorganismos dentro de él. Las segundas son aquellas que se incorporan a los alimentos de forma accidental.
Los tóxicos propios del alimento son: alcaloides, se encuentran en la papa, remolacha y tomates y pueden generar trastornos gastrointestinales y dificultad respiratoria; glucósidos cianogenéticos, se encuentran en frijoles, lentejas, duraznos, manzanas, ciruelas y cerezas, éstas sustancias pueden liberar cianuro, el cual genera la muerte por paro respiratorio en una intoxicación aguda y por último están los antinutrimentos, presentes en la zanahoria, papa, pepinos, calabaza, melones y tomate; actúan destruyendo la absorción de ciertos nutrientes como la vitamina C, la solución es cocinarlos ya que es una sustancia que se destruye con el calor.
Los tóxicos accidentales hacen referencia a antibióticos y hormonas que se les agregan a carnes y productos derivados de animales que son tratados con medicamentos (aminas heterocíclicas) y por otro lado los plaguicidas y aditivos (hidrocarburos aromáticos policíclicos, metales).